Если бы Михаэлю тогда было известно, какими серьезными проблемами обернется 1999 год! Вероятно, этот год был в карьере Михаэля самым тяжелым и ужасным, подтверждая то, что настоящему таланту не страшны никакие преграды, он не остановится ни перед чем, трудности только закаляют его. Команда McLaren к началу сезона подошла, как безоговорочный фаворит. Эдди Ирвайном был выигран первый Гран-При. Залогом той победы была надежность техники – против скорости противника, что и позволило выйти второму пилоту Скудерии из тени.

Сразу после окончания гонки Ирваном было сделано несколько заявлений, которые не понравились руководителям Ferrari, что всем дало понять: в команде авторитет Шумахера неприкосновенен. Михаэля тоже дополнительная мотивация от соперничества с напарником подстегивала – он был не намерен упускать чемпионат этого сезона. В Бразилии Шумахер пришел на финиш вторым, зато блестяще выиграл последующие две гонки – Монако и Сан-Марино. Шумахер вновь стал лидером чемпионата, да и вся команда Ferrari подтянулась к Mclaren. Хаккинен, как и прежде, был сильным соперником, а к середине сезона ему удалось снова вернуть себе лидерство. У Михаэля было боевое настроение, он готов был работать на успех. Однако, гонка, которая походила в Сильверстоуне, положила конец его мечтам. На тридцатой секунде от начала  гонки в Стоуне произошла страшная авария. Парадокс заключается в том, что судьями к тому моменту из-за столкновения болидов  был вывешен красный флаг. Михаэль этого не знал, и со всей мощью  боевого напора атаковал коллегу по команде Ирвайна. Из-за проблем с тормозами и огромной скорости Феррари стала неуправляемой: промчавшись по гравию, Шумахер уткнулся носом в стену из покрышек. Михаэль негодовал! Им был разбит свой болид, да еще в борьбе с коллегой по команде! Попытка встать из болида оказалась неудачной. Стало ясно, что у этой аварии более, чем предполагалось, серьезные последствия. Подоспевшим маршалом с огромным трудом удалось вытащить из кокпита Михаэля. Его аккуратно уложили на носилки. У Шумахера еще хватило мужества помахать рукой своим поклонникам, подтвердив, что дела его не так уж плохи. Но вскоре пришла неутешительная новость: правая нога Михаэля была переломана в двух местах. Подобным диагнозом под сомнение ставилось продолжение для Михаэля не только участия в гонках этого сезона 1999 года, а и вообще карьеры гонщика. Самое неприятное еще было впереди. За самочувствием своего кумира ревностно наблюдали преданные поклонники гонщика. Но вдруг выясняется, Скудерия  обходится и без услуг Шумахера. Эдди Ирвайн берет на себя роль первого пилота команды и ведет уверенную борьбу с Хаккиненом. Михаэлю делают операцию, затем еще одну. Процесс заживления ноги идет очень медленно, но Михаэль принимает решение о начале тренировок. А в августе он делает неожиданный сюрприз – появляется в Мюджелло. Он с огромным трудом залез в кокпит. Ему и ходить было нелегко, но он сумел тогда установить новый рекорд трассы. Всем стало ясно, что Михаэль на трассу вернется очень скоро. Было сделано официальное заявление, что в Гран-При Италии Шумахер будет принимать участие. Тесты, проводимые в Монце, обернулись для Михаэля настоящим кошмаром. Ему огромных усилий стоило пройти несколько кругов, а на состояние его поврежденной ноги сразу же отрицательно повлияли завышенные барьеры Монцы.